云南农业大学档案工作开始于1958年。1960年成立了昆明农林学院文书档案室，保管全校文书档案、基建档案和教学档案。1987年成立了云南农业大学综合档案室（科级建制），1997年实行集中统一管理全校各类档案。2002年晋升科技事业单位档案管理国家二级。2012年被云南省档案局认定为云南省企业事业单位档案工作规范化管理示范单位，2020年荣获“云南省档案工作先进集体”。档案科隶属于学校党委办公室、校长办公室。2017年改建为独立的档案馆（正处级建制），2021年学校机构调整，档案馆、图书馆和云南民族农耕文化博物馆合并组建为图书馆（档案馆、农耕文化博物馆）。

我校档案工作组织机构健全，形成了校领导分管──档案馆主管──各立卷部门为基础的统一领导、分级管理的工作机制。实行二级部门立卷归档制度，学校各处级单位均为立卷部门，分工归口立卷，采取专兼职档案人员相结合的管理机制，对各项档案资料进行收集、整理和归档，建立了以档案馆为中心的二级档案管理网络。

档案馆现有云南农业大学、云南建筑工程学校、云南省高原特色农业产业研究院、云南省香料研究中心、云南农垦总局干部学校共5个全宗，对学校党群、行政、教学、科研、外事、财务、基建、设备、产品、出版、声像、专题、实物、人物、捐赠15类档案实行了集中统一管理。

档案馆作为永久保存云南农业大学各类重要档案的基地，为学校各项工作提供档案保管利用，并依法依规面向社会开放。